软件工程系于2022年6月成立。目前承担软件工程专业的人才培养和专业建设工作，以及电子信息（软件工程方向）专业学位硕士点的人才培养和专业建设工作。

现有专任教师12人，其中，教授3人，副教授6人，讲师2人，助教1人，硕士生导师6人。教师中博士和在读博士5人，兵团中青年领军人才1人，校级教学能手1人，自治区高校计算机教育学会理事1人。

软件工程系承担建设兵团空间信息工程技术研究中心、空间信息获取与应用技术国家地方联合工程实验室等省部级科研平台，整合学科团队建设，组建了计算机软件与理论、软件测试、低空遥感信息处理3个研究室。

  软件工程系在农业信息技术应用、医疗信息处理等研究方向形成特色，整体科研实力较强。承担了国家自然科学基金、国家科技支撑计划、兵团重大科技计划、兵团重点领域科技攻关等10余项国家级、省部级项目及课题。软件工程系指导的学生在中国“互联网+”大学生创新创业大赛、中国大学生计算机设计大赛、蓝桥杯全国软件和信息技术专业人才大赛等活动中多次获奖，取得了优异的成绩。